Стебли плауна радиально - или двусторонне-симметричны, в последнем случае у них можно различить брюшную и спинную стороны. С поверхности стебель покрыт однослойной эпидермой с устьицами, за которой следует широкая зона первичной коры. В коре часто можно выделить несколько зон. Располагающаяся в центре стебля цилиндрическая протостела занимает сравнительно небольшую часть его объема. Листья зрелого побега у большинства плаунов располагаются поочередно, но у некоторых видов они сидят супротивно, мутовчато (по 4— 5 в мутовке) или без особого порядка. Листья прижатые или отстоящие. Вегетативное размножение у плаунов в большинстве случаев происходит путем отмирания старых участков побегов и корневищ.
